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医疗机构污染防治管理系统是指建立在医疗机构内部的一套控制、监测和管理医疗废物、空气、水等污染物的系统。该系统包括以下内容：
1. 医疗废物处理管理：建立医疗废物分类收集、中转、处置等流程，确保医疗废物不会对环境及人员造成污染和危害。
2. 空气净化管理：通过建立空气净化设施和通风系统等，保障医疗机构空气质量符合标准，避免空气污染导致病人、医护人员的健康受到危害。
3. 水源污染防治管理：制定用水标准、水处理流程、定期检测水质等措施，保证水源安全。
4. 医疗污染安全培训：开展医疗污染防治知识普及和安全培训，提高医务人员和职工的污染防治意识和技能。
5. 污染应急处理机制：压实污染应急处理的责任制，建立科学有效的应急预案和处置措施，以保障医疗机构在污染事件中的应急响应能力。
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